La Fondation The Ark est conduite par un Conseil de Fondation qui assure le management stratégique et la cohérence des actions menées. 

Un Comité d’Engagement garantit la prise de décisions opérationnelles et fixe les moyens financiers attribués aux projets. 

Les ingénieurs et économistes de CimArk SA assurent le management opérationnel et soutiennent les entreprises à travers trois services : Accélérateur, Incubateur, Innovation.